安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。2005年以良好成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年、2016年学校以优异成绩分别通过国家教育部中医学、中药学专业试点认证。
学校现占地总面积1171亩，有少荃湖、梅山路、史河路三个校区。分别坐落于合肥市新站区前江路1号、蜀山区梅山路103号、蜀山区史河路45号。教学科研仪器设备总值18907万元。图书馆藏书近200万册（其中纸质图书98.93万册），古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药标本中心储藏了15万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本馆。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
学校现有全日制在校生14820人（其中博士生、硕士生1246人）。现有16个二级学院（部）（含3所直属附属医院）、5所非直属附属医院。现有教职工3000多人（含附院），其中副高以上职称人员500余人。国医大师2人，安徽省高校领军人才5人，博士生导师31人，硕士生导师472人；享受国务院特殊津贴15人、省政府特殊津贴8人；安徽省学术与技术带头人、后备人才25人；国家名老中医学术经验项目指导老师26人。有来自国内外的61名知名专家学者担任我校客座教授。
学校现有24个本科专业（其中国家教育部高等学校特色专业5个，20个专业列入一本招生），有2个一级学科博士学位授予点，4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、4个硕士专业学位授权点。有国内一流学科B类项目1个、安徽省学科建设重大项目2个、国家中医药管理局重点学科17个，省级B类重点学科11个。有7个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。
学校以人才培养为第一要务，牢固确立教学中心地位，把提高教育教学质量作为永恒主题，注重学生创新精神与能力素质的培养，坚持“弘扬新安医学，培育中医人才”的办学特色，在扎实做好专业教学基础上，注重传承能力和创新能力培养，人才培养质量不断提高。学校现有2个国家级教学团队、8个省级教学团队、1门国家级精品课程、1门国家级精品资源共享课程、35门省级精品课程、2个国家级实验教学示范中心、1个国家级专业综合改革试点项目、2个国家级卓越医生（中医）教育培养计划、2位中医药高等学校教学名师。近5年来，先后获国家级、省级质量工程项目200余项，国家级教学成果二等奖1项、省级教学成果特等奖3项、一等奖10项。
