云南大学始建于1922年，时为私立东陆大学，1934年更名为省立云南大学，1938年改为国立云南大学，是我国西部边疆最早建立的综合性大学之一。1937年，著名数学家、教育家熊庆来出任校长，一大批著名学者受聘到校任教，奠定了学校较高的发展基点和深厚的学术底蕴，开创了云大办学历史上的第一个辉煌时期。20世纪40年代，云南大学已发展成为一所包括文、法、理、工、农、医等学科在内，规模较大，在国际上有影响的中国著名大学之一。1946年，《不列颠百科全书》将云南大学列为中国15所最具世界影响的大学之一。
五十年代院系调整，部属云南大学一些重要而有特色的系科，如航空、土木、法律、铁道等被划出并入当时的北京航空学院、四川大学、西南政法学院、长沙铁道学院等高校；工、医、农等先后独立建校，并逐步发展为今天的昆明理工大学、昆明医科大学、云南农业大学、西南林业大学等高校。1958年，云南大学由中央高教部划归云南省管理。1978年，云南大学被国务院确定为全国88所重点大学之一。
改革开放后，云南大学获得了长足的进步。1996年首批列入国家“211工程”重点建设大学，2001年列入西部大开发重点建设院校，2004年成为教育部和云南省人民政府重点共建高校，2006年本科教学工作水平评估共19项二级指标全部评定为A，被教育部评为本科教学优秀学校，2012年成为国家“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校提升综合实力工程”实施院校，2017年9月，进入中国首批42所世界一流大学建设高校行列。
近年来，云南大学主动融入国家战略，积极服务云南经济社会发展，遵循“开放合作、集成创新、协调共进、特色发展”的办学思路，按照“高起点、超常规、跨越式”的总体要求，以世界一流大学建设为主线，以内涵建设为重点，以体制机制改革为动力，以党建思想政治工作为保障，实施综合创新战略、人才强校战略、非均衡发展战略、合作共建战略和国际化战略，着力推进“树木树人计划”、“云南大学服务云南行动计划”，综合实力和整体水平上了新的台阶。云南大学已成为一所以民族学、生物学、特色资源开发与环境保护，以及边疆问题和东南亚、南亚国际问题研究为优势特色，文、史、哲、经、法、教育、理、工、农、医、管、艺术等学科较为齐全，人才密集的全国重点综合性大学。教育部最新学科评估中，学校民族学、生态学排名第2，政治学排名第6，生物学排名第9。微生物学、化学学科、植物学与动物学进入全球ESI前1%。
