济宁医学院前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生；1959年改为济宁医学专科学校； 1987年1月，经原国家教育委员会批准，更名为济宁医学院；2008年4月学校以“优秀”成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。2009年11月8日举行济宁医学院济宁北湖新校区奠基仪式，新校区座落在济宁市北湖生态新城西南部，规划占地总面积137.1公顷（2056亩），其中医学院教学区占地52.39公顷（786亩），附属医院分院占地23.15公顷（347.6亩），济宁医学院、附院职工生活区占地39.17公顷（587亩），医学院发展用地22.39公顷（336亩）。规划建筑总投资18.1045亿元，其中济宁医学院新构教学区规划建筑面积201660平方米，总投资3.8245亿元；济宁医学院附属医院分院，规划建筑面积150000平方米，总投资5.78亿元；济宁医学院、附院职工宿舍规划建筑面积323000平方总投资8.5亿元。
