学院前身为南京海运学校和南京航运学校，始建于1951年，是新中国成立后建立的第一所培养远洋和内河船员的学校、中国首批履行STCW78/95公约并为国际海事组织认可的航海院校，也是江苏省最早将ISO9000质量管理标准引入党建和教育教学管理领域的高等院校之一。60多年来，培养出13万多名技术技能人才，遍布远洋运输、内河航运、船舶制造、港口工程、物流经贸、信息商务等海内外大中型企事业单位，为祖国航运事业做出重要贡献，堪称航运人才的摇篮。
学院设有航海技术学院、轮机工程学院、船舶与海洋工程学院、电气与自动化工程学院、经济管理学院、信息工程学院、人文艺术学院、继续教育学院和基础教学部、体育教学部、思想政治理论课教学研究部等11个教学单位，开设船机工程、船体工程、船舶安全技术管理、计算机辅助建造、焊接技术及自动化、港口物流设备与自动控制、机械制造与自动化、船舶电气自动化技术、港口电气自动化技术、工业电气自动化技术、电梯工程技术和楼宇智能化工程技术、计算机应用（软件技术方向）、计算机网络技术、数字艺术设计(苹果动画方向)、电子信息工程、商务英语（海事方向）、商务英语（经贸方向）和商务英语（船舶方向）、涉外旅游等40个专业。
江苏海事职业技术学院校长：刘红明 。
