哈尔滨医科大学前身是由原哈尔滨医科大学（我国医学先驱伍连德博士于1926年创建的哈尔滨医学专门学校，1938年改名为哈尔滨医科大学）和原兴山（现鹤岗市）中国医科大学第一、二分校（其前身为中国共产党于1931年在江西瑞金建立的中国工农红军卫生学校）组建而成。是中西部高校基础能力建设工程重点建设高校之一。
学校设有基础医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院暨继续教育学院、生物信息科学与技术学院、人文社会科学学院、马列主义学院、口腔医学院、护理学院、麻醉学系、体育学部、第一至第五临床医学院（附属医院）、大庆校区等附属单位。中国疾病预防控制中心地方病控制中心、国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、国家新药临床试验研究中心、卫生部俄语培训中心、中国医学科学院黑龙江分院、黑龙江省医学科学院、哈尔滨医科大学中俄医学研究中心等设在校内。15个专业：基础医学（七年制）、临床医学（含七年制、六年制俄语医学专业、六年制日语医学专业、五年制）、口腔医学、护理学、麻醉学、药学、预防医学、医学影像学、公共事业管理、法学、生物技术、生物信息学、临床药学、市场营销、卫生监督。
哈尔滨医科大学现任校长 杨宝峰 。
