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学校现有11个学院（植物科学学院、动物科学学院、水利与建筑工程学院、机械电气化工程学院、人文学院、经济与管理学院、生命科学学院、信息工程学院、历史与哲学学院、继续教育学院、高等职业技术学院），52个本科专业（农理科类19个，工科类17个，人文社科类16个）。3个自治区级重点（培育）学科（微生物学、果树学、作物栽培学与耕作学），4个兵团重点学科（果树学、作物栽培学与耕作学、生物化学与分子生物学、动物营养与饲料科学），4个一级学科硕士学位点（作物学、园艺学、生物学、农业工程），23个二级硕士点，3个专业学位硕士点（农业硕士、兽医硕士、新闻与传播硕士）。现有1个国家级科研平台（“南疆特色果树高效优质栽培与深加工技术国家地方联合工程实验室”）、1个兵团与科技部共建国家重点实验室培育基地（塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室—国家省部共建培育基地）、6个省级重点实验室（兵团塔里木畜牧科技重点实验室、南疆特色果树生产工程实验室、南疆特色农产品深加工兵团重点实验室、自治区级现代农业工程重点实验室、新疆兵团南疆化工资源利用工程实验室、塔里木盆地生态保护与生物资源利用国际合作基地）、2个省级人文社科重点研究基地（自治区人文社科重点研究基地—非传统安全与边疆民族发展研究院、西域文化研究院）、3个农业部试验站（农业部农产品质量安全风险评估实验站、农业部西北区域农业微生物资源 利用科学观测实验站、农业部阿拉尔作物有害生物科学观测实验站）、2个兵团协同创新（培育）中心（西域文化与丝路文明共享协同创新中心、环塔里木生态农业协同创新中心）。近五年，承担各级各类科研项目861项，累计立项经费1.53亿元。取得科研成果521项，专利授权464项，标准5部，植物新品种3项，为区域经济社会发展作出了积极贡献。