我校是全国唯一一所以继承、挖掘、提高和弘扬维吾尔医药学为宗旨，以培养维吾尔医医药高素质专业技术人才为目标的全日制普通专科学校。1984年，在内蒙古呼和浩特召开的全国第二次民族医药工作会议提议成立新疆维吾尔医学专科学校。同年九月，经自治区人民政府批准，1985年开始筹建，1987年起招生，1989年经教育部（原国家教委）正式批准成立。学校的成立实现了维吾尔医医药学教育从传统的师带徒方式向正规化现代高等教育方式的转变，在维吾尔医药学教育发展史上揭开了新的篇章。2006年底和田卫校整建制并入我校。2011年9月学校从卫生厅归口至教育厅管理。学校现隶属于自治区教育厅，受自治区教育厅及和田地区行署双重管理。
学院下设校专科层次现有维医学、维药学、护理学、医学检验技术、康复治疗技术等5个高职专业，其中维医学专业是自治区级特色专业，医学检验技术专业是自治区级重点专业。中等职业教育层次现有乡村医师、护理、妇幼保健、药剂、助产士、检验技术、影像等7个中职专业。成人教育专科层次开设有维医学、维药学专业，与新疆医科大学继续教育学院联合开办本、专科层次西医临床、护理学专业和本科层次维医学、维药学专业。目前正在与安徽中医药大学、西安交通大学医学院磋商联合办学事宜，争取年内实现成人教育的联合办学。
新疆维吾尔医学专科学校校长是凯赛尔·阿不都克热木 。
