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安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校设有护理学院 中医临床学院 针灸骨伤临床学院 中西医结合临床学院 药学院 医药信息工程学院 医药经济管理学院 人文学院 国际教育交流学院 继续教育学院13个二级学院，29个本科专业（方向）（其中国家教育部高等学校特色专业5个，均已列入一本招生），有2个一级学科博士学位授予点，4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、2个硕士专业学位授权点，5个博士生联合培养基地。 有 17个国家中医药管理局重点建设学科、1个省级重中之重学科，12个省级重点建设学科，6个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。
安徽中医学院校长：王　键。