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1958年9月创建于北京，首任校长由郭沫若兼任。她的创办被称为“我国教育史和科学史上的一项重大事件”。建校后，中国科学院实施“全院办校，所系结合”的办学方针，学校紧紧围绕国家急需的新兴科技领域设置系科专业，创造性地把理科与工科即前沿科学与高新技术相结合，注重基础课教学，高起点、宽口径培养新兴、边缘、交叉学科的尖端科技人才，汇集了严济慈、华罗庚、钱学森、赵忠尧、郭永怀、赵九章、贝时璋等一批国内最有声望的科学家，建校第二年即被列为全国重点大学。
学校有15个学院：中国科学技术大学数学科学学院 中国科学技术大学物理学院 中国科学技术大学化学与材料科学学院 中国科学技术大学生命科学学院 中国科学技术大学工程科学学院 中国科学技术大学信息科学技术学院 中国科学技术大学计算机科学与技术学院 中国科学技术大学地球和空间科学学院 中国科学技术大学管理学院 中国科学技术大学人文与社会科学学院 中国科学技术大学核科学技术学院 中国科学技术大学环境科学与光电技术学院 中国科学技术大学软件学院 中国科学技术大学公共事务学院 中国科学技术大学网络教育学院 中国科学技术大学苏州研究院 中国科学技术大学上海研究院 30个系，设有研究生院，以及苏州研究院、上海研究院、中国科大先进技术研究院，在37个本科专业招生 。
中国科学技术大学校长： 侯建国 。