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医学专业齐全菏泽医学专科学校专业及课程设置适应社会需求，特色鲜明、重点突出。现有临床医学系、护理系、药学与生物制药工程系、医学技术系、基础医学部、思想政治理论教学部等12个教学单位。开设临床医学、口腔医学、护理、助产、药学、医学检验技术、医学影像技术、康复治疗技术、中医康复技术、眼视光技术、保险、药品经营与管理、老年服务与管理、老年保健与管理共14个专业。临床医学专业为首批全国职业院校健康服务类示范专业点，中央财政支持重点建设专业，省级特色专业，省专业建设指导委员会主任委员单位，主持全国卫生职业教育临床医学专业教学指导委员会工作；护理专业为中央财政支持重点建设专业，省级特色专业和品牌专业，全国护理教材建设评审委员会常委单位，山东省护理专业建设指导委员会委员单位；药学专业是校级特色专业，校企联合共建专业，鲁西南制药人才培养培训基地；医学检验技术专业为校级特色专业，全国医学检验校际联合会成员单位。拥有《人体解剖学》、《生理学》、《内科学》、《外科学》等29门省级精品课程，《药理学》、《诊断学》为山东省教学改革试点课程。

科研成果丰硕教学科研成果丰硕，近5年来先后承担教育部、省和市级教科研课题162项,其中95项达国内领先水平，67项达国内先进水平，获省市级以上奖励65项。获国家专利59项，科技成果转化10项。主持制定了临床医学专业高职高专《国家顶岗实习标准》和《山东省专业教学指导方案》，目前承担《国家教学标准》、《实验实训装备技术标准》的制定和国家卫计委“3+2”助理全科医生培养项目调研工作。发表论文507篇，其中核心期刊论文120篇，被SCI、CA收录68篇。编写教材、教学参考书及学术专著131部，其中主编、副主编和参编国家级规划教材50部。《菏泽医学专科学校学报》为中国高职高专核心期刊。

就业深造并重（1）就业 各专业毕业生综合素质好，基础理论扎实，操作技术熟练，深受聘用单位欢迎。主要就业于医疗卫生单位、药厂，就业质量高、稳定性强。各专业就业率均保持在85%以上，其中，护理、助产、药学、药品经营与管理、保险专业就业率在90%以上。（2）升学大学三年级时，可通过参加山东省专升本考试，升入泰山医学院、潍坊医学院、济宁医学院、滨州医学院、山东中医药大学等本科院校。我校专升本录取人数和录取率连续16年位居山东省同类院校首位。护理、助产专业学生在校期间可报考高等教育自学考试，完成规定学业，在取得专科毕业证书后即可取得自学考试本科毕业证书，达到学士学位标准者，可获得医学学士学位。