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牡丹江医学院创建于1958年，著名史学家郭沫若先生题写了校名。是黑龙江省东南部地区唯一一所省属全日制普通本科医药院校。1997年一次性通过原国家教委合格评估。2006年在国家本科教学水平评估中专家组给予了优秀的评价。2009年经国务院学位委员会批准为新增硕士学位立项建设单位。2013年通过硕士学位立项建设单位整体验收。学校遵循发展是第一要义的科学发展观，坚持“为农村办学、为基层服务”，把建设社会主义新农村和实现小康社会作为办学的责任。曾受到中共中央书记处、国家教育部、国家卫生部的高度评价，1989年荣获国家优秀教学成果特等奖。全校教职工秉承“立德立行、唯实唯新”的校训，发扬“执着、爱校、求实、合作、创新、奉献”的牡医精神，为学院实现跨越式发展坚持不懈，共同奋斗！
学校设有临床医学、麻醉学、医学影像学、口腔医学、预防医学、应用心理学、药学、药物制剂、医学影像技术、医学检验技术、康复治疗学、护理学、信息管理与信息系统、市场营销、公共事业管理、制药工程、生物医学工程、卫生检验与检疫、物流管理19个本科专业 。其中口腔医学专业列为本科一表招生，医学影像学、临床医学、麻醉学、医学检验专业是省级重点专业，医学影像学专业是省级一类特色专业和国家级一类特色建设专业。人体解剖学、组织胚胎学、生物遗传学、病原生物学、影像设备学、诊断学是省级精品课程。
牡丹江医学院现任校长 关利新 。