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学院现设有基础教学部、人文社科部、马克思主义理论教学部，第一临床医学系、第二临床医学系、医学技术系、护理学一系、护理学二系、口腔系、文理系、公共卫生系、药学系，拥有海源学院附属石林天奇医院、附属昆明同仁医院、附属昆明市第一人民医院富民医院和各级、各类实践教学基地。昆明医科大学各附属医院均为大型综合“三级甲等医院”或省级专科医院，医院人才集聚、设备先进、科室齐全，在省内外享有广泛的盛誉，依托昆明医科大学各学科专业的优质教学资源完全能满足海源学院的教学需要，是莘莘学子理想的求学之地。

昆明医科大学海源学院的招生计划，由国家统一下达，招收参加全国普通高等学校统一招生考试，成绩达到各省（自治区、直辖市）相应批次录取控制线的考生（学生入学后外语教学以英语安排教学）。

昆明医科大学海源学院，在昆明医科大学指导下，以立德树人为根本任务，以教学为中心，以不断提高人才培养质量为目标，全面贯彻党的教育方针，全面推进素质教育，培养综合素质高、动手能力强、社会适应能力好的“本科应用型”高级医药卫生类人才。学院领导、主要干部和骨干教师由昆明医科大学选派，教学工作严格按照本科医学教育国家标准执行。临床教学任务由昆明医科大学附属医院和教学医院的高水平教师承担。学生合格毕业，按教育部规定，颁发统一印制、网上电子注册、国家承认的昆明医科大学海源学院全日制普通本科毕业证书，符合学士学位授予条件者，按照国家有关规定由昆明医科大学海源学院颁发学士学位证书。学院设有国家奖学金、国家励志奖学金、省政府奖学金、省政府励志奖学金、院级综合奖学金、单项奖学金和勤工助学基金等多种奖助学金。学生毕业，享受国家普通高校毕业生就业政策，学院提前做好毕业生职业生涯规划暨就业指导服务工作。已毕业的十二届13900多名学生的毕业证书、学士学位证书“双证”获得率超过98%；年终就业率超过97%；在海内外著名高校攻读博士、硕士的海源学子已达450多人，升研率高达6.7%。人才培养质量的各项重要指标均属同类院校先进行列。

学院办学十七年来，形成了“医药卫生特色鲜明，专业应用性强，办学条件好，师资力量优，管理服务信誉高，重视教育教学质量及学生全面发展”的特点，在全国、全省赢得了良好的声誉。学院与泰国、马来西亚等高校建立了校际合作关系。学院被省教育厅评为“云南省文明学校”、“优秀普通高等学校”等。