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学院拥有体系较为完备的科学研究基地，医学电生理实验室是省部共建教育部重点实验室，在国内享有较高声誉。膜通道功能、结构与信号转导同步研究基地是四川省科技条件平台，医学电生理实验室、医学分子生物学实验室、感染与免疫实验室3个实验室是四川省高校重点实验室，四川省医事卫生法治研究中心是四川省哲学社会科学重点研究基地。另有国家中医药科研三级实验室1个、二级实验室3个。2010年，学院通过资源整合成立了医学基础研究中心、药物与功能性食品研究中心。2010年，国家人力资源与社会保障部、全国博士后管理委员会批准我院心血管医学研究所设立博士后科研工作站，开展博士后工作。分子生物学与免疫学实验教学示范中心、医学基础实验教学示范中心两个实验中心是省级实验教学示范中心。

为适应高等医学教育发展的需要，学院实施了教育教学质量工程，在三个层面上对本科教学进行了改革：一是加强了学科建设，调整和优化专业结构，拓宽专业口径，强化专业基础，修订和完善了本科人才培养方案，注重和加强了学生的基本知识、基础理论、基本技能及临床应用能力的培养；二是进一步改革课程体系、教学内容、教学方法和教学手段，加强了精品课程建设，加大了现代教育技术手段的建设和应用；三是进行了学分制的教育管理改革，积极探索创新人才培养模式，并建立健全了各项教学管理制度，进一步完善了教学质量保证和监控体系。在近两次四川省高等教育教学成果奖评审中，学院获得一等奖2项、二等奖5项、三等奖6项。

近5年来，学院共获得厅局级以上科研课题793项，其中国家自然科学基金26项、国家社会科学基金1项，承担国家“863”计划子项目1项，获得教育部“新世纪人才支持计划”1项，参加国家“973”计划项目2项，获得科技部、国家中医药管理局、四川省科技厅等部省级项目88项；获得国家专利授权17项，出版学术专著33部，发表论文5000余篇，其中核心期刊1587篇，SCI收录论文104篇；获得四川省科技进步一等奖2项、二等奖4项、三等奖17项，科研的立项及获奖的数量、级别逐年提高。学院主办有面向国内外公开发行的医学类学术期刊《泸州医学院学报》，作为中国学术期刊综合评价数据库来源期刊，已被中国核心期刊（遴选）数据库收录。2009年，经国家新闻出版总署批准，我国第一份医学与法学交叉渗透、相互结合的学术性季刊《医学与法学》杂志公开发行。

有直属附属医院3所（其中附属医院是三级甲等医院，附属中医院是三级甲等中医医院，附属口腔医院是四川第二大口腔专科医院且正在申报三级甲等专科医院），非直属附属医院12所，开放床位共12000余张，另有三级乙等及以上临床教学医院29所及其他稳定的校外专业教学实习基地30余个。3所直属附属医院不断加强内涵建设，提高医疗、科研、教学水平，医疗技术水平和服务质量连上台阶。早在20世纪60年代，附属医院率先在四川省成功开展断肢再植手术；70年代末继华西医科大学之后在四川省第二家成功开展器官移植手术；2004年成功开展四川省首例连体婴儿分离术，2005年成功开展四川省首例心脏移植手术，是川、渝、滇、黔结合地区的医疗、教学、科研中心。