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学校成立80个省、校级研究所。编辑出版的国家级及面向全国发行的期刊有《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》、《临床与实验病理学杂志》、《中华疾病控制杂志》等15种。学校藏书130万余册。学校图书馆是全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆，被认定为教育部科技查新工作站。

学校同德国、澳大利亚、瑞典、美国、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校广泛开展合作交流，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展人才培养和科研合作。

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