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学校有4所直属附属医院，其中附属康复医院成为国内首家通过国际康复质量认证委员会（CARF）认证的康复专科医院;有16所非直属附属医院，58所教学医院，50所实（见）习医院，较好地满足了不同层次临床教学需要。有康复、肛肠、脾胃、外科等4个国家临床重点专科，17个国家中医药管理局重点专科、专病。校本部设立国医堂医院，为社会提供服务。

学校拥有两个校区，共占地1030亩，各类建筑总面积32万多平方米，教学科研仪器设备总值2.5亿多元，纸质图书120万册、电子图书73万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、文化浓郁的校园，被授予“全国中医药文化建设先进单位”和“全国绿化模范单位”荣誉称号，已连续七次被福建省委、福建省人民政府授予“文明学校”荣誉称号，并被列为全国文明单位培育对象。推进节约型校园建设，被确定为全国第一批“节约型公共机构示范单位”创建单位。

学校是内地第一所招收台湾学生的中医药院校，现有各类在校海外学生近300名，其中多数为台湾学生；先后举办了11届两岸中医药学术研讨会，形成了博士、硕士、本科、专科、短期进修等多层次、多规格、多形式的对台教育格局。学校还与美国、澳大利亚、德国、马来西亚、瑞典、芬兰、丹麦、台湾、香港等国家和地区的高等院校、科研医疗机构、学术团体建立了交流合作关系。

在新的发展阶段，学校以科学发展观为指导，秉承“大医精诚，止于至善”的校训精神，进一步更新观念，开拓进取，努力把学校建设成为一所以中医药为主体，多学科协调发展，服务“海丝”核心区和福建自贸区，高水平、有特色的教学研究型中医药大学。

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